pyimageJ教程(1) 安装及安装前准备

从我大三cell实验课程发现这个项目到现在2年了，一直未有人发布此项目的免费教程，B站有位博主发了收费教程(价格88元)，因此我决定发布免费教程。由于MacOS的M系列芯片安装过程有兼容性问题(加之不折腾黑苹果)，linux系统没几个人用(需要就私信，博主只用debian系列，其他系列不会)，所以只更新Windows系统版本教程。

----------------------安装前准备----------------------

全程需要网络环境!!!

安装Pycharm

「非必须」，如果你不需要此IDE，不需要下载。下载地址：https://www.jetbrains.com/pycharm/download/?section=windows ，正常的安装步骤，因此没有教程。

安装并配置 Miniconda 或者 Anaconda

Anaconda和Miniconda同地址: https://www.anaconda.com/download/success/ 正常安装即可，安装完需要添加环境变量：

 
# 根据你的安装位置修改D:\ProgramData
# miniforge3是因为我安装的是conda-forge
# 如果你安装的是Miniconda，则是D:\ProgramData\miniconda3
# 如果你安装的是Anaconda，则是D:\ProgramData\Anaconda3
D:\ProgramData\miniforge3
D:\ProgramData\miniforge3\Scripts
D:\ProgramData\miniforge3\Library\bin

安装并配置 Java

正常安装即可，一定要勾选添加到路径！下载地址：https://javadl.oracle.com/webapps/download/AutoDL?BundleId=252044_8a1589aa0fe24566b4337beee47c2d29

安装并配置 Maven

方式1：Chocolatey

 
choco install maven

方式2：Scoop

 
scoop install main/maven

方式3：

前两种方式都需要方式所对应的软件，且需要给这软件添加代理地址。如果你不想那么麻烦，可以用如下方式：

下载压缩包下载地址：https://dlcdn.apache.org/maven/mvnd/1.0.2/maven-mvnd-1.0.2-linux-amd64.zip
解压安装包
添加环境变量

 
# 解压文件路径+解压文件\mvn\bin
D:\ProgramData\maven-mvnd-1.0.2-windows-amd64\mvn\bin

-----------------------正式安装-----------------------

打开终端输入：

 
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict

安装pyimageJ

 
mamba create -n pyimagej pyimagej openjdk=11

激活环境

 
conda activate pyimagej
# 进入该环境只需要每次在终端/IDE终端输入上述命令即可
# 退出环境终端输入conda deactivate

安装imageJ并检测版本

 
python -c 'import imagej; ij = imagej.init(); print(ij.getVersion())'

如果有特殊需求，请按需修改：

需求	命令	可再现
最新版	ij = imagej.init()	NO
指定版	ij = imagej.init('2.14.0')	YES
交互式（最新版）	ij = imagej.init(mode='interactive')	NO
交互式（指定版）	ij = imagej.init('net.imagej:imagej:2.14.0', mode='interactive')	YES
Without support for original ImageJ (newest versions)	ij = imagej.init('net.imagej:imagej', add_legacy=False	NO
带插件安装(最新版)	ij = imagej.init('sc.fiji:fiji')	NO
带插件安装(指定版)	ij = imagej.init('sc.fiji:fiji:2.14.0')	YES
带指定插件安装(最新版)	ij = imagej.init(['net.imagej:imagej', 'net.preibisch:BigStitcher'])	NO
带指定插件安装(指定版)	ij = imagej.init(['net.imagej:imagej:2.14.0', 'net.preibisch:BigStitcher:0.4.1'])	YES
带用户界面	ij = imagej.init(mode='gui')	NO
本地安装	ij = imagej.init('/Applications/Fiji.app')	DEPENDS

❝
不指定版本的均下载最新版，所以无法复现
❞

输出以下内容则为安装完成

 
WARNING: package sun.awt.X11 not in java.desktop
2.16.0/1.54g

-----------------------安装完成-----------------------

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